Les forêts du Bassin du Congo constituent la deuxième plus grande zone de forêt tropicale au monde. S'étendant sur environ 200 millions d'hectares, du golfe de Guinée au rift Albertin en Ouganda, ces forêts abritent une biodiversité unique d'importance mondiale. Le Parc National de Nouabalé-Ndoki est au cœur de ce paysage exceptionnel.
Environ 80 % des forêts d'Afrique centrale se situent entre 300 et 1000 m d'altitude, formant des forêts de plaine. Le Parc National de Nouabalé-Ndoki fait partie d'une écorégion appelée forêts de plaine du nord-ouest congolais, qui s'étend sur le sud-est du Cameroun, le Gabon et la moitié nord de la République du Congo. Le Parc est principalement constitué de plateaux traversés par des vallées en pente douce entre 300 et 500 m d'altitude.
Le climat est équatorial, la température oscille autour de 25°C avec une amplitude de 2°C tout au long de l'année. La distribution saisonnière des précipitations est bimodale avec une moyenne annuelle d'environ 1 645 mm, avec une saison sèche entre janvier et février qui reste supérieure à 50 mm/mois.
La végétation du Parc consiste en une forêt tropicale chaude caractérisée par une canopée fermée. Ces conditions favorisent la formation d'un tapis de feuilles humides au sol et la propagation d'épiphytes (plantes ou champignons qui poussent à la surface d'autres plantes). Là où la canopée est la plus fermée, le sol de la forêt est presque dépourvu de lumière solaire. Dans le Parc, c'est le cas des parcelles de forêt dominées par un arbre appelé Gilbertiodendron dewevrei. Ces forêts sont dites monodominantes, par opposition aux forêts tropicales mixtes où différentes espèces créent une forêt plus dense avec des fourrés et une faible visibilité.
La forêt mixte de terre ferme est le type de végétation le plus répandu et le plus diversifié : cette forêt est très hétérogène dans sa structure ainsi que dans le nombre d'espèces végétales ; les arbres peuvent atteindre jusqu'à 50 m et le sous-bois varie d'extrêmement dense à ouvert, avec souvent une présence importante de lianes. On peut trouver des parcelles étendues d'herbes appartenant aux familles des marantacées et des zingibéracées.
Des marécages et des forêts inondées de manière saisonnière sont également présents. Les « baïs », ou « yangas », constituent une autre caractéristique unique du Parc. Il s'agit de clairières naturelles dans les zones humides, et le Parc en compte plus de 130. Un baï est généralement traversé par de l'eau vive, tandis qu'un yanga apparaît lorsque l'eau stagne. Ces sites sont dominés par des Cyperaceae (carex) et des Graminae (graminées) et attirent les grands mammifères qui se nourrissent de cette végétation.
L'origine de ces clairières n'est pas certaine, mais il est probable qu'elles soient entretenues par les animaux qui s'y rendent pour se nourrir. Ces lieux sont donc la cible des braconniers. Il a été observé que dans les zones à forte pression de chasse, l'utilisation réduite des baïs par les grands mammifères tels que les éléphants et les buffles peut conduire à la colonisation de l'espace ouvert par les arbres et les arbustes.