ONGULÉS

Les ongulés, ou animaux à sabots, constituent un groupe d'espèces herbivores particulièrement important, bien que peu étudié, dans les écosystèmes tropicaux. Ils structurent ces derniers en dispersant les graines, en modifiant le sol lorsqu'ils s'enfoncent dans les zones boueuses ou lorsqu'ils recherchent des minéraux sous le sol. Les ongulés se composent d'une variété d'espèces, allant du bongo de 400 kg au céphalophe bleu de 4 kg. Les forêts à haute intégrité de Nouabalé-Ndoki constituent un habitat sûr pour de nombreuses espèces d'ongulés.
BUFFLE DE FORÊT
En langues locales : Mpakasa, Ngombo (Lingala), Niati (Bendzele), Mboko (Mbangombe)
Du fait qu'ils vivent dans une végétation dense, les buffles de forêt (Syncerus caffer nanus) peuvent rarement mesurer leur force dans une compétition frontale entre mâles, ce qui explique que leurs cornes soient moins importantes et plus tournées vers l'arrière que celles de leurs cousins de la savane. Ils se distinguent également par leur belle couleur brun-rouge, avec une zone plus sombre sur le visage, et par leur taille beaucoup plus petite, généralement inférieure à 120 cm (contre 170 cm pour le buffle de savane). 

Comme ils vivent dans des environnements qui ne conviennent pas aux grands carnivores, les buffles ont peu de prédateurs et vivent à un rythme lent en petits groupes de 30 individus au maximum, sans avoir besoin de se déplacer de façon saisonnière. Il est rare de ne pas en croiser, surtout en fin de journée, à Wali Baï comme à Mbeli Baï. Les buffles peuvent vivre jusqu'à 26 ans.
Bongo
En langue locale : Mbongo
Le majestueux bongo (Tragelaphus eurycerus) se nourrit de verdure fraîche à basse altitude et a donc tendance à trouver facilement de la nourriture dans les ouvertures de la canopée de la forêt qui laissent passer la lumière nécessaire à la croissance de la végétation au sol. De ce fait, on les trouve fréquemment dans les zones de forêt à canopée discontinue, là où il y a des clairières naturelles, des zones perturbées par les éléphants ou l'exploitation forestière. 

Malgré leur résistance, les bongos sont rares : naturellement répandus en nombre modéré, ils sont également prisés pour leurs cornes en spirale par les chasseurs de trophées. Leur nombre à Nouabalé-Ndoki et dans ses environs s'est également effondré vers 1997 après qu'une saison des pluies particulièrement abondante ait provoqué une augmentation des mouches Stomoxys, dont les piqûres ont affaibli des dizaines de bongos retrouvés morts en quelques semaines. Leur population se reconstitue encore lentement.
SITATUNGA
En langues locales : Mbuli (Lingala), Mbiliya (Bendzele, Mbangombe)
Principalement actifs du crépuscule à l'aube, les sitatungas (Tragelaphus spekii) peuvent également être observés pendant la journée, notamment à Mbeli Baï, où 150 visiteurs fréquents ont été recensés au cours des deux dernières décennies. Presque sédentaires, ils ont de très petits domaines vitaux proches des zones marécageuses auxquelles ils doivent leurs traits caractéristiques : de longues pattes et des sabots évasés qui leur permettent de se déplacer habilement dans les marais. 

Les femelles, dépourvues de cornes, sont de couleur rougeâtre et de taille nettement inférieure à celle des mâles. Les mâles ont un pelage plus foncé que leurs proches cousins les bongos. Leur pelage peut s'assombrir et les rayures et les taches s'estompent avec l'âge. Leurs cornes peuvent atteindre 90 cm de long, mais ils ne les utilisent que rarement pour se battre : leurs aboiements nocturnes leur permettent d'évaluer l'âge et la force de leurs voisins et d'éviter les combats inutiles.
CEPHALOPHES
En langues locales : selon l'espèce - Mboloko (céphalophe bleu), Ngandi (céphalophe de Peter), Guomu (céphalophe à bande dorsale), Bemba (céphalophe à dos jaune)
Les céphalophes sont des antilopes de taille petite à moyenne, dont le poids peut varier considérablement selon l'espèce : de 3,5 kg pour le céphalophe bleu (Philantomba monticola) à 80 kg pour le céphalophe à dos jaune (Cephalophus silvicultor). Les céphalophes parcourent le sol de la forêt pour se nourrir de fruits, de feuilles, de pousses, de graines, de bourgeons et d'écorces ; ils profitent souvent des fruits laissés par les singes, les oiseaux ou les chauves-souris qui se nourrissent dans la canopée. 

Malgré leur capacité à se cacher, les céphalophes font partie des espèces les plus braconnées et chassées dans le nord du Congo pour leur viande, qui est consommée dans toute la région. La demande en viande de brousse en ville est un facteur majeur des niveaux non durables de chasse dans le nord du Congo, du fait de l'explosion de la population urbaine.